2022年*月21日-2*日，由知產(chǎn)前沿新媒體舉辦的“第七屆中國醫(yī)藥常識產(chǎn)權(quán)峰會圓滿完畢”在蘇州召開，本次大會吸引了線上與線下近800位醫(yī)藥IP人士參與，現(xiàn)場交換互動強(qiáng)烈熱鬧。

在2*日的大會上，錦天城律師事務(wù)所律師、專利代辦署理師倪申文為本次大會帶來“抗體專利審查：以CDR序列定義權(quán)力要求范疇的深度思慮”的相關(guān)概念分享。

知產(chǎn)前沿現(xiàn)將倪律師的現(xiàn)場主題發(fā)言內(nèi)容整理成文，供醫(yī)藥常識產(chǎn)權(quán)從業(yè)人員參考進(jìn)修。

如需購置第七屆中國醫(yī)藥常識產(chǎn)權(quán)峰會曲播回憶，請后臺私信“CPIPS 2022”

目錄

一、CDR是若何確定的?

二、差別的CDR定義計(jì)劃及其比照

三、權(quán)力要求明白CDR定義計(jì)劃

四、單一的CDR定義計(jì)劃的思慮

五、枚舉“所有”定義計(jì)劃的CDR序列？

六、CDR序列的開放式vs封鎖式限制

七、給定可變區(qū)的CDR序列確定

八、編號計(jì)劃vs定義計(jì)劃？

一、CDR是若何確定的?

1**0年，Kabat將**個(gè)輕鏈序列停止比對，闡發(fā)每個(gè)氨基酸編號位置的變革率，識別出*個(gè)高變區(qū)，稱之為互補(bǔ)決定區(qū)（Complementarity Determining Regions,CDRs)，1***年，第一個(gè)Fab片段的X射線晶體構(gòu)造解析出來，顯示那些高變區(qū)大致上對應(yīng)于Fab構(gòu)造上的環(huán)（loops）。1***年，Kabat為免疫球卵白可變區(qū)提出一種尺度化的編號規(guī)則（Kabat Numbering）并以固定的編號定義了CDR（Kabat Definition）。1*86，Chothia提出Chothia Numbering和CDR的Chothia Definition計(jì)劃，后續(xù)其他計(jì)劃如IMGT,AbM,Contact等陸續(xù)提出。

但是那些計(jì)劃都是預(yù)測性的計(jì)劃，與現(xiàn)實(shí)解析出來的卵白量的晶體構(gòu)造計(jì)劃其實(shí)不完全吻合。所有的CDR無論是以什么樣的體例去定義，都是理論預(yù)測，并不是現(xiàn)實(shí)連系位置。下圖紅色部門是定義得到的，針對輕鏈和重鏈有兩種差別的定義體例，能夠看到定義出來的計(jì)劃和實(shí)在存在的環(huán)是有不同的，對重鏈Chothia定義也僅僅是和現(xiàn)實(shí)愈加吻合，因?yàn)槠渥约翰倏v了已經(jīng)解析出來的晶體構(gòu)造來預(yù)測其CDR，數(shù)據(jù)越多，成果也相對更準(zhǔn)確一些，但是沒有任何一種能夠完美婚配實(shí)在構(gòu)造。

二、差別的CDR定義計(jì)劃及其比照

以五種差別CDR體例為例，枚舉輕鏈的*個(gè)CDR和重鏈的*個(gè)CDR上的序列不同。能夠看到輕鏈大范疇是不異的，重鏈第二個(gè)CDR上，差別的定義體例定義出的CDR沒有一個(gè)是完全不異的，那就招致重鏈CDR的定義的極度異量性。

以Keytruda?VH為例，能夠看到在以差別的定義體例定義重鏈的*個(gè)CDR時(shí)，各個(gè)CDR之間重合的部門現(xiàn)實(shí)上是比力少的，第一個(gè)CDR僅有兩個(gè)是共享的，第二個(gè)有6個(gè)共享，其他均不不異，第三個(gè)CDR可能略微多一些。

三、權(quán)力要求明白CDR定義計(jì)劃

在撰寫抗體權(quán)力要求時(shí)，我們凡是會做出如下表述體例的撰寫：抗XX抗原的抗體或其抗原連系片段，包羅輕鏈可變區(qū)和重鏈可變區(qū)，所述輕鏈可變區(qū)包羅xxCDR，所述重鏈可變區(qū)包羅xxCDR，再去定義每個(gè)CDR的序列是什么。如許的撰寫未明白CDR定義體例，通過什么樣的定義體例來得出是未知的，也僅利用了單一的CDR定義體例，而且接納封鎖式的CDR序列體例來表達(dá)。

權(quán)力要求能否必需給出CDR定義計(jì)劃呢？針對那個(gè)問題有兩種概念：一方認(rèn)為能夠不給出CDR定義計(jì)劃，在按照現(xiàn)有可用的CDR定義計(jì)劃之一確實(shí)能夠得到與權(quán)力要求中的一套CDR完全不異的CDR組合前提下，CDR基于可變區(qū)來確定，關(guān)于給定的可變區(qū)序列，差別預(yù)測辦法能夠別離獨(dú)一地確定其CDR，由申明書及現(xiàn)有手藝能夠確定權(quán)力要求中的CDR是以何種定義計(jì)劃來定義的。但是那種情況下若是接納任何一種計(jì)劃都沒法子得到和已有權(quán)力要求中列舉的一個(gè)CDR不異的組合，就很可能遭到量疑。另一種概念認(rèn)為應(yīng)當(dāng)給出CDR定義計(jì)劃，其理由是貧乏CDR定義計(jì)劃時(shí)權(quán)力要求不清晰，申明書固然能夠解釋權(quán)力要求，但不克不及用來定義權(quán)力要求，也貧乏確定的侵權(quán)比敵手段，無法確定能否落入權(quán)力要求庇護(hù)范疇，如解釋為不限CDR定義計(jì)劃，則無法得到申明書撐持。

相對來看，第一種愈加合理。通過以創(chuàng)造名稱里有抗體，權(quán)力要求里有CDR的檢索體例來查找中國現(xiàn)有的專利共計(jì)44**項(xiàng)，再進(jìn)一步限制在獨(dú)立權(quán)力要求里同時(shí)用了CDR和至少一種CDR定義體例，發(fā)現(xiàn)只要22*項(xiàng)，占比約*%，再限制受權(quán)專利的話，就僅有**項(xiàng)了。能夠看到無論是專利申請仍是受權(quán)專利，僅十分小的比例（*%）在獨(dú)權(quán)中限制CDR的定義計(jì)劃，能否包羅CDR定義計(jì)劃似乎完全不影響專利局的審查決定，專利局在受權(quán)時(shí)也不要求明白CDR定義計(jì)劃。

四、單一的CDR定義計(jì)劃的思慮

若是把一個(gè)定義計(jì)劃定義在權(quán)力要求里時(shí)，如許的單一CDR定義計(jì)劃意味著在和可能侵權(quán)的序列比對時(shí)，只能通過那一個(gè)單一CDR定義計(jì)劃去比對，因?yàn)槠鋵?shí)不能從一個(gè)定義計(jì)劃推導(dǎo)至另必然義計(jì)劃。以Kabat定義計(jì)劃為例，意味著若是以Kabat定義計(jì)劃定義時(shí)，那么CDR中的任何一個(gè)氨基酸改動就能夠饒過Kabat定義計(jì)劃，而現(xiàn)實(shí)上可能會落入其他定義計(jì)劃。此外長CDR序列很可能招致庇護(hù)范疇縮小，例如Kabat VH CDR2。但是那其實(shí)不意味著接納最短的Chothia定義計(jì)劃時(shí)庇護(hù)范疇范疇就更大，因?yàn)镃DR定義計(jì)劃是預(yù)測計(jì)劃，不是實(shí)在世界，在沒有晶體衍射等數(shù)據(jù)的情況下，無法曉得哪個(gè)殘基是核心殘基，最短的CDR紛歧定就包羅核心殘基，通過晶體衍射察看到核心殘基時(shí)，選擇包羅該殘基的最短定義體例可能是一種適宜的選擇。

五、枚舉“所有”定義計(jì)劃的CDR序列？

枚舉所有定義計(jì)劃的CDR序列是一個(gè)選擇，考慮人源化過程中取CDR并集的撐持性問題，如許也能夠列出良多定義計(jì)劃的組合，差別定義計(jì)劃界定出的庇護(hù)范疇差別，就能夠供給可供選擇的多種比照體例，可以顯著增加躲避侵權(quán)的難度。但是也會產(chǎn)生良多問題，CDR定義體例是不竭更新的，若是后續(xù)有新的CDR定義體例，那么可能籠蓋新的定義計(jì)劃。

如斯把可變區(qū)的序列枚舉出來，陳說申明所要庇護(hù)的抗體CDR和已經(jīng)做出來的抗體的CDR是一樣的，表白序列是以何種體例定義。如許的定義計(jì)劃不限詳細(xì)定義計(jì)劃，能夠是多項(xiàng)定義計(jì)劃，也能夠籠蓋將來CDR定義計(jì)劃，同樣撐持申明書自定義CDR計(jì)劃，如許的計(jì)劃CDR來源于創(chuàng)造抗體但范疇又不限于創(chuàng)造抗體。

六、CDR序列的開放式vs封鎖式限制

那要分紅兩種情況來看：（1）若是在權(quán)力要求里限制了定義計(jì)劃，開放式表述得不到撐持，因?yàn)樵敿?xì)定義計(jì)劃限制出的CDR序列殘基數(shù)量固定，不會在兩頭加殘基，此時(shí)封鎖式表述是準(zhǔn)確的表達(dá)體例。（2）若是未限制定義計(jì)劃，開放式表述使得無法獨(dú)一地確認(rèn)詳細(xì)的定義計(jì)劃，例如Chothia重鏈CDR定義被完好包羅在IMGT，此時(shí)就無法確定序列是由哪種計(jì)劃定義，此時(shí)封鎖式表述能夠獨(dú)一地確認(rèn)詳細(xì)的定義計(jì)劃。

七、給定可變區(qū)的CDR序列確定

以（申請日200*.2.1*；決定日201*.11.10）的某復(fù)審案例為例，給出輕鏈可變區(qū)序列能否能夠獨(dú)一確定CDR區(qū)？能夠獨(dú)一確定的理由是必需要限制定義計(jì)劃，但若是未限制詳細(xì)的CDR定義計(jì)劃，則不克不及獨(dú)一地確定該CDR組合（但本案決定看似不是基于此做出）。其決定理由種認(rèn)為現(xiàn)有手藝公開確定CDR的多種原則，無法預(yù)見關(guān)于詳細(xì)的創(chuàng)造應(yīng)該采納哪些原則，從而也無法間接、毫無疑義地認(rèn)定CDR區(qū)，現(xiàn)實(shí)上是對CDR確定的曲解。

八、編號計(jì)劃vs定義計(jì)劃？

已有的受權(quán)案例中良多都對編號計(jì)劃和定義計(jì)劃的性量有所曲解。例如下列兩個(gè)案例：

受權(quán)案例1——

權(quán)力要求1.可以與人法式性滅亡配體1(PD-L1)連系的別離的抗體分子，其包羅：重鏈可變區(qū)(VH)和輕鏈可變區(qū)(VL)，基于Kabat編號系統(tǒng)，所述重鏈可變區(qū)包羅SEQIDNO:1的VH互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)1氨基酸序列；SEQIDNO:2的VHCDR2氨基酸序列；和SEQIDNO:*的VHCDR*氨基酸序列；所述輕鏈可變區(qū)包羅SEQIDNO:*的VLCDR1氨基酸序列、SEQIDNO:10的VLCDR2氨基酸序列和SEQIDNO:11的VLCDR*氨基酸序列。

受權(quán)案例2——

權(quán)力要求1.一種抗-pSer41*tau抗體，包羅：(A)可變重(VH)構(gòu)造域，其包羅：由SEQIDNO:86的氨基酸序列構(gòu)成的vhCDR1；由SEQIDNO:11*的氨基酸序列構(gòu)成的vhCDR2；和由SEQIDNO:88的氨基酸序列構(gòu)成的vhCDR*；和(B)可變輕(VL)構(gòu)造域，其包羅：由SEQIDNO:*1…的氨基酸序列構(gòu)成的vlCDR1；由SEQIDNO:82的氨基酸序列構(gòu)成的vlCDR2；和由SEQIDNO:8*的氨基酸序列構(gòu)成的vlCDR*；此中CDR序列按照Kabat編號系統(tǒng)定義。

編號計(jì)劃是對特定的氨基酸可變區(qū)有差別的編號體例，Chothia、Kabat、IMGT等別離具有本身的編號系統(tǒng)，針對一段序列中的特定氨基酸殘基，其在差別編號系統(tǒng)中的號碼經(jīng)常紛歧致，那是因?yàn)椴顒e編號系統(tǒng)的編號辦法紛歧致形成的。但是，CDR定義計(jì)劃不隨編號辦法的變革而變革，針對差別編號辦法編號的一段序列，給定的CDR定義計(jì)劃能夠識別出不異的一段序列殘基做為CDR。

再以Keytruda? VH為例，選定CDR的Kabat定義計(jì)劃，以差別的編號系統(tǒng)對序列編號時(shí)，能夠發(fā)現(xiàn)CDR的序列是不會改動的。

編號僅僅是編號氨基酸的位置，所以當(dāng)用輕鏈或者重鏈定義CDR時(shí)，能夠表白CDR是在輕鏈或重鏈的哪一號位，好比CDR-L1：SEQ ID NO：1*0的殘基24-*4位、CDR-L2：SEQ ID NO：1*0的殘基*0-*6等，因?yàn)椴顒e的位置限制出的CDR是紛歧樣的，此時(shí)定義編號計(jì)劃時(shí)才氣讓對方領(lǐng)會定義的是哪個(gè)氨基酸殘基。別的面臨位置的突變，接納如受權(quán)案例2中此中所述代替的FR氨基酸殘基按照Kabat編號為Ser*1Phe代替的體例能夠定義位置。

做者：倪申文

編纂：Sharon